珊瑚礁造景岩水族箱是一个封闭的人造生态系统，里面的生物会不断产生由蛋白质、脂肪、碳水化合物、有机酸以及酚类组成的有机废物。在大型和小型鱼缸上进行换水就像是立即清晰的途径。在换水的一两个小时内，水不仅会更清晰，而且你会立刻注意到你的珊瑚和所有的海洋生物。

    碳通过一种叫吸附的物理过程去除水中的有机物。在一个珊瑚礁岩水族箱内郜，活性碳的微小孔径作为机械过滤过程的最后阶段，吸附这些太小甚至是细滤机械过滤或通过蛋白分离物理过滤后无法去除的水中有机分子。

    若是有机物被分解，就会加速水族箱中的多余微生物的活动，珊瑚礁造景增加氧气的总需求（生物需氧量、化学需氧量）导致氧化还原的减少，同时来自于细菌呼吸生成的CO2就会过量，从而减少pH。

    会增加氮和磷化合物的含量，珊瑚礁造景加速有害细菌的滋生最终形成有害藻类。有机物的积聚对光的穿透力有着重要的影响，尤其对那些加速珊瑚生长的篮色和接近uv的光谱。